Dlouhodobý cíl péče o ekosystémy vyplývá ze strategického cíle ochrany přírody v NP České Švýcarsko, jímž je zařazení národního parku do kategorie II (národní park) podle kritérií Světového svazu ochrany přírody (IUCN). Z tohoto důvodu managementová opatření v národním parku jsou soustředěna na zvyšování stupně přirozenosti ekosystémů a na postupné zvětšování rozlohy území národního parku ponechaného samovolnému vývoji.
Cílový stav ochrany přírody představuje národní park, kde
a) až 98 % rozlohy bude ponecháno samovolnému vývoji. V rámci tohoto území však bude i nadále možné provádět následující činnosti:
- protipožární ochrana
- údržba základní cestní sítě a stezek pro pěší, hraničního pásu, údržba staveb
- lov vybraných druhů zvěře
- bránění šíření invazních druhů
- časově omezená mechanická ochrana dříve vysazených listnáčů a jedle
- revitalizace vodního režimu
b) na zbývajícím území národního parku (2 % rozlohy) bude prováděn trvalý management, a to zejména z těchto důvodů:
- přítomnost sídelních enkláv a větších rozloh zemědělské půdy (např. Mezná, Zámeček u Vysoké Lípy)
- nutnost trvalého sledování a případné sanace skalních útvarů, včetně managementu lesních porostů (týká se zejména skal nad obcí Hřensko), a to z důvodu bezpečnosti osob a majetku
- snaha zachovat na malé ploše ekosystémy podmíněné lidskou činností (např. lesní loučky), a to z důvodu druhové ochrany nebo z důvodů krajinářských
Hlavní cíle péče o lesní a nelesní ekosystémy NP České Švýcarsko jsou definovány v platném Plánu péče o Národní park České Švýcarsko (platnost 2009 – 2016).
