Dlouhodobý cíl péče o ekosystémy vyplývá ze strategického cíle ochrany přírody v NP České Švýcarsko, jímž je zařazení národního parku do kategorie II (národní park) podle kritérií Světového svazu ochrany přírody (IUCN). Z tohoto důvodu managementová opatření v národním parku jsou soustředěna na zvyšování stupně přirozenosti ekosystémů a na postupné zvětšování rozlohy území národního parku ponechaného samovolnému vývoji.
Hlavní cíle péče o lesní a nelesní ekosystémy NP České Švýcarsko pro období 2025 až 2041 jsou definovány v platných Zásadách péče o Národní park České Švýcarsko.