Území národního parku České Švýcarsko (i sousedního NP Saské Švýcarsko) je velmi lesnaté a skalnaté a relativně málo narušené lidskými zásahy. Pro chráněné krajinné oblastí obkloupující oba národní parky je zase typická především harmonická zemědělská krajina s rozptýlenou zástavbou. To vše umožňuje výskyt řady druhů živočichů, s často velmi odlišnými nároky na prostředí, na relativně malém území. Druhovou rozmanitost významně zvyšují druhy vázané svým výskytem na vodní toky a jejich okolí, rybníky či rašeliniště. Koridor řeky Labe zase slouží jako významná migrační trasa i zimoviště řady druhů ptáků.
Vedle zcela nových druhů objevených na tomto území se zde vyskytují také druhy omezené svým rozšířením pouze na tuto oblast. Bylo zde zjištěno i mnoho druhů považovaných v České republice již za vyhynulé nebo velmi vzácné. Vyskytuje se zde i řada chráněných druhů, včetně druhů silně a kriticky ohrožených.