Lesy tvoří plošně nejrozsáhlejší typ stanoviště v Českosaském Švýcarsku – v samotném národním parku České Švýcarsko zaujímají lesní porosty dokonce přes 95% jeho plochy. Druhové i věkové složení zdejších lesů však doznalo během historie značných změn, které souvisely s jejich hospodářským využíváním (provnání původní a současné druhové skladby lesů v NP České Švýcarsko viz graf).
Pozůstatky původních lesů se dnes zachovaly zejména na nepřístupných skalních vrcholech v podobě tzv. reliktních borů a v hluboce zaříznutých roklích, kde dodnes roste původní forma (ekotyp) smrku ztepilého. Místy se zachovaly zbytky listnatých lesů, především bučin, ale také teplomilnějších doubrav a na vodní toky vázaných lužních lesů. Na většině území však byly původní smíšené lesy nahrazeny monokulturami jehličnatých dřevin, zejména smrku ztepilého (Picea abies) a borovice lesní (Pinus sylvestris).
Typy lesních společenstev:
Lužní lesy
Podél Labe se ojediněle zachovaly tzv. vrbotopolové luhy. V jejich stromovém patře se, kromě převládajících vrb, např. vrby bílé (Salix alba), v. křehké (S. fragilis) a v. košíkařské (S. viminalis), vzácně zachovaly i exempláře původního topolu černého (Populus nigra), jehož populace je na lokalitě Podskalí v posledních letech uměle posilována.
K nejvzácnějším společenstvům patří údolní jasanovo-olšové luhy, smrkové olšiny a prameništní jaseniny, které byly v minulosti z velké části přeměněny na kulturní louky či lesy. Rozsáhlejší potoční lužní lesy pahorkatin s typickými druhy bylinného patra ptačincem velkokvětým (Stellaria holostea), plicníkem tmavým (Pulmonaria obscura), dymnivkou dutou (Corydalis cava) či sasankou hajní (Anemone nemorosa) se vyskytují pouze v jižní části území na styku s Českým středohořím. Podél Kamenice a Olšového potoka se zachovaly i zbytky podhorských olšin a olšové jaseniny s charakteristickými druhy prvosenkou vyšší (Primula elatior), krabilicí chlupatou (Chaerophyllum hirsutum), bledulí jarní (Leucojum vernum) či udatnou lesní (Aruncus vulgaris). V okolí Olešského rybníka v CHKO Labské pískovce se zachovaly zbytky tzv. bažinných olšin s ostřicí prodlouženou (Carex elongata).
Dubohabřiny
Dubohabrové háje jsou v území vázané pouze na teplejší polohy na živinami bohatších půdách na jižním okraji oblasti, který biogeograficky náleží již k Českému středohoří, v pásu probíhajícím od Libouchce přes Děčín na Českou Kamenici. Místy se vyskytují i tzv. černýšové dubohabřiny s typickými druhy bylin černýš hajní (Melampyrum nemorosum), jaterník podléška (Hepatica nobilis), kopytník evropský (Asarum europaeum) nebo dymnivka dutá (Corydalis cava). Ve stromovém patře se uplatňují zejména habr obecný (Carpinus betulus) a dub zimní (Quercus petraea).
Kyselé doubravy
Tyto druhově chudé doubravy byly v území rozšířeny v teplejších polohách, zejména na Růžovské plošině, v kaňonu Labe, místy patrně též na skalních plošinách v Jetřichovickém skalním městu. Stromové patro tvořily především dub zimní (Quercus petraea), dub letní (Q. robur) a borovice lesní (Pinus sylvestris). Dnes však na těchto stanovištích zcela převládají kulturní borové lesy, jejichž bylinné a mechové patro však do značné míry odpovídá původním společenstvům. Hojně se vyskytuje brusnice brusinka (Vaccinium vitis-idaea), b. borůvka (V. myrtillus), vřes obecný (Calluna vulgaris), černýš luční (Melampyrum pratense), bika bělavá (Luzula luzuloides), trávy bezkolenec rákosovitý (Molinia arundinacea) a metlička křivolaká (Avenella flexuosa). V keřovém patře najdeme krušinu olšovou (Frangula alnus).
Suťové lesy
V kaňonu Labe převládají suťové lesy s významným zastoupením lípy srdčité (Tilia cordata), habru obecného (Carpinus betulus), javoru babyky (Acer campestre). Na vrcholech sopečného původu (např. Růžovský vrch) převládají podhorské suťové lesy, tvořené převážně javorem klenem (Acer pseudoplatanus), jilmem drsným (Ulmus glabra) a jasanem ztepilým (Fraxinus excelsior). Velmi vzácné jsou tzv. roklinové lesy s dominantní udatnou lesní (Arunucus vulgaris) (např. na Českém vrchu) a svahové lesy s dominantní měsíčnicí vytrvalou (Lunaria rediviva) (např. na Vlčí hoře).
Květnaté bučiny
Květnaté bučiny zabírají z celkové rozlohy území jen velmi malou plochu, podstatně však navyšují biodiverzitu území. Nejbohatší jsou tzv. strdivkové bučiny, vázané na čedičové horniny (např. na Růžovském vrchu, Mlýnech či Suchém vrchu) s typickými druhy jarních bylin kyčelnicí devítilistou (Dentaria enneaphyllos), kyčelnicí cibulkonosnou (Dentaria bulbifera), svízelem vonným (Galium odoratum), hrachorem jarním (Lathyrus vernus) a pitulníkem žlutým (Galeobdolon luteum), sasankou hajní (Anemone nemorosa) a s. pryskyřníkovitou (A. ranunculoides). Na přelomu jara a léta zde vykvétá řada druhů trav, zejména strdivka jednokvětá (Melica uniflora), kostřava lesní (Festuca altissima) či ječmenka evropská (Hordelymus europaeus). Místy se vyskytuje měsíčnice vytrvalá (Lunaria rediviva), chráněná lilie zlatohlavá (Lilium martagon) a na Růžovském vrchu také vzácná kapradina laločnatá (Polystichum aculeatum).
Méně druhově bohaté jsou bučiny s dominantní trávou kostřavou lesní (Festuca altissima), které se vyskytují ve větší míře pouze v labském kaňonu.
Kyselé bučiny
Kyselé bučiny zabíraly v minulosti největší rozlohu Labských pískovců. Na pískovcovém podloží to byly zejména tzv. bikové bučiny, na bohatších půdách např. v kaňonu Labe se vyskytovaly bučiny s dominantní trávou třtinou rákosovitou (Calamagrostis arundinacea). Kyselé bučiny však byly v minulosti na většině území přeměněny na smrkové monokultury a zachovaly se jen ve velmi omezené míře, např. roztroušeně po celém Jetřichovickém skalním městě, v okolí Bělé, v tzv. Liboucheckých bučinách, v kaňonu Labe apod. Kyselé bučiny jsou nápadně druhově chudé, v podrostu dominuje většinou pouze bika bělavá (Luzula luzuloides) nebo metlička křivolaká (Avenella flexuosa), případně třtina rákosovitá (Calamagrostis arundinacea). Z dřevin se kromě dominantního buku lesního (Fagus sylvatica) vyskytují javor klen (Acer pseudoplatanus), v roklích smrk ztepilý (Picea abies) a dnes již jen vzácně i jedle bělokorá (Abies alba). Zajímavostí je přirozený výskyt těchto bučin v nezvykle nízkých nadmořských výškách kolem 300 m n.m., což souvisí s celkově suboceanickým charakterem celé oblasti a jevem zvaným klimatická inverze. Bučiny v kaňonu Labe jsou dokonce vůbec nejníže položenými bučinami v České republice (pod 150 m n.m.)!
Reliktní a rašelinné bory
Tzv. reliktní bory na pískovcových skalách jsou charakteristickým typem lesního společenstva Českosaského Švýcarska, byť nejsou plošně příliš rozsáhlé. Tyto lesy jsou druhově velmi chudé. Ve stromovém patře převládají zejména borovice lesní (Pinus sylvestris) a bříza bělokorá (Betula pendula), které doplňuje jeřáb ptačí (Sorbus aucuparia).
V území lze rozlišit dva základní typy reliktních borů: suché bory jsou vázány převážně na osluněné lokality orientované jižním směrem, zatímco tzv. vlhké bory se naopak vyskytují na zastíněných lokalitách. Bylinné patro suchých borů tvoří především vřes obecný (Calluna vulgaris), brusnice borůvka (Vaccinium myrtillus), b. brusinka (V. vitis-idaea) a metlička křivolaká (Avenella flexuosa). Typický je výskyt lišejníků rodu dutohlávka (Cladonia sp.). Charakteristickými rostlinami vlhkých borů jsou rojovník bahenní (Ledum palustre) a vzácně též šicha černá (Empetrum nigrum).
Reliktní bory se v české části Labských pískovců vyskytují především na území NP České Švýcarsko, ale roztroušeně i na řadě dalších míst (kaňon Labe, Tiské stěny, Rájecké stěny, Ostrovské stěny).
Tzv. rašelinné brusnicové bory navazující na otevřená vrchoviště a suchopýrové bory se vyskytují pouze v Přírodní rezervaci Čabel. Charakteristické jsou keříky brusnice borůvky (Vaccinium myrtillus), b. brusinky (V. vitis-idaea) a rojovník bahenní (Ledum palustre).
Přirozené smrčiny
Smrk ztepilý (Picea abies) se v Českosaském Švýcarsku přirozeně vyskytoval pouze v inverzních v roklích, a to buď jako příměs tzv. kyselých bučin, případně v hluboce zaříznutých roklích, kde vytvářel maloplošné podmáčené smrčiny. Dodnes se zbytky těchto smrčin zachovaly zejména na území NP české Švýcarsko. Charakteristickými rostlinami přirozených smrčin jsou horské druhy sedmikvítek evropský (Trientalis europaea), plavuň pučivá (Lycopodium annotinum), vranec jedlový (Huperzia selago) a čípek objímavý (Streptopus amplexifolius). Typickým mechorostem je rohozec trojlaločný (Bazzania trilobata).
Kulturní lesy
Naprostou většinu lesních porostů Českého Švýcarska dnes tvoří tzv. kulturní lesy, tj. lesy vytvořené člověkem, jejichž věková i druhová skladba se velmi liší od původních pralesů. V současné době v území zcela převažují jehličnaté kulturní lesy, původně však na většině území rostly lesy listnaté a smíšené. Kulturní lesy nalezneme zejména na pískovcích a na sprašových hlínách. Přírodě blízké lesy se většinou dochovaly naopak spíš na odlišných substrátech (sopečné a přeměněné horniny). Lze tedy říci, že kulturní lesy byly zakládány na stanovištích, jejichž přirozená druhová rozmanitost byla většinou nízká, kdežto lokality s bohatou přirozenou vegetací zůstaly ve velké míře zachovány.
V kulturních smrčinách převládají rostliny typické pro tzv. kyselé bučiny. Velkoplošné pěstování smrku však patrně přispělo k značnému rozšíření některých druhů vázaných na přirozené smrčiny, např. kapradiny žebrovice různolisté (Blechnum spicant) nebo trávy třtiny chloupkaté (Calamagrostis villosa). Tyto jinak druhově chudé porosty překvapivě hostí i některé významné druhy, a to zvláště podél lesních komunikací, jako např. subatlantský druh třezalku pěknou (Hypericum pulchrum), ostružiník lužický (Rubus lusaticus) a o. hojnokvětý (R. geminatus) – kriticky ohrožené druhy naší květeny, z nichž první dva jmenované jsou známy v České republice pouze z Labských pískovců!
V kulturních borech se uplatňují především druhy typické pro borové doubravy. Kromě kulturních sosnových borů se v minulosti v území zakládaly i bory vejmutovkové, které dnes představují zdroje téměř celoplošné invaze původem severoamerické borovice vejmutovky (Pinus strobus).
Kultury ostatních nepůvodních dřevin, jako jsou modřín opadavý (Larix decidua) nebo dub červený (Quercus rubra) netvoří v území rozsáhlé plochy. Místy byly v lesích vysazovány i další nepůvodní druhy dřevin, jako např. douglaska tisolistá (Pseudotsuga menziesii), jírovec maďal (Aesculus hippocastanum) či kaštanovník setý (Castanea sativa).