V důsledku propustnosti pískovců je Českosaské Švýcarsko relativně chudé na stojaté vody a povrchové vodní toky. Zároveň však, trochu paradoxně, protéká celou oblastí největší česká řeka Labe. Bohaté jsou naopak zásoby podzemních vod, které jsou významným zdrojem pitné vody.

Vodní toky
Hlavním vodním tokem Českosaského Švýcarska je řeka Labe. Dalšími významnějšími toky jsou na české straně říčka Kamenice a její přítoky, v Sasku pak říčky Biela a Lachsbach s přítoky Sebnitz a Polenz. Celým územím na české i saské straně protéká říčka Křinice.
Labe
Labe odvodňuje naprostou většinu území Českosaského Švýcarska, které tak náleží do úvodí Severního moře (pouze severní okraj oblasti v okolí obce Brtníky je odvodňován řekou Mandavou, a náleží tedy do úvodí Baltského moře). Pod Děčínem vytváří Labe mohutný, místy až 300 metrů hluboký kaňon, který je výsledkem souběžně probíhající říční eroze a tektonického zdvihu území. Od konce třetihor do současnosti se tak řeka Labe prořízla celou mocností pískovcových usazenin, a na několika místech dokonce obnažila starší podložní horniny.

Kamenice
Kamenice je největší a nejznámější vodní tok na české straně oblasti. Pramení pod horou Jedlová, horní tok protéká Lužickými horami, dolní územím CHKO Labské pískovce a od Srbské Kamenice národním parkem České Švýcarsko. Zde řeka protéká proslulými soutěskami (Ferdinandovou, Divokou a Edmundovou) a v obci Hřensko vtéká do Labe. Nejvýznamnějším přítokem Kamenice je Chřibská Kamenice (s Přírodní rezervací Pavlino údolí), která pramení rovněž pod Jedlovou v Lužických horách. Dalšími přítoky Kamenice zprava jsou Jetřichovická Bělá a Dlouhá Bělá s přítokem Suché Bělé. Jedná se o pstruhové vodní toky s mimořádně čistou vodou. Z levých přítoků je významnější Olešnička, která protéká největší vodní plochou na české straně oblasti, Olešským rybníkem.
Křinice
Křinice (Kirnitzsch) pramení u obce Studánka a po průtoku městem Krásná Lípa vtéká u Kyjova do pískovcového území národního parku České Švýcarsko, kde se krajina náhle mění v hluboce zaříznuté Kyjovské údolí lemované skalami. Po soutoku s Vlčím potokem (s přítokem Panského potoka) a s Brtnickým a Bílým potokem vstupuje Křinice v hraničním úseku mezi bývalými osadami Zadní Doubice a Zadní Jetřichovice do soutěsky Kirnitzschklamm s významnou turistickou atrakcí, převozem na pramicích v oblasti Horního splavu (Obere Schleuse). Po soutoku s Červeným potokem malebně meandruje v rovinatých náplavech u Zadních Jetřichovic, příbírá Jetřichovický potok a poté vtéká na saské území, kde ústí v Bad Schandau do Labe.

Menší vodní toky
Dalšími významnějšími vodotečemi na české straně jsou z pravých přítoků Labe: Loubský potok a Suchá Kamenice s Janovským potokem, tvořící strmé, divoce romantické rokle. Z levých přítoků to pak jsou zejména Jílovský potok, z menších potoků pak Čertova voda a Dolnožlebský potok vytvářející opět prudké strže ústící do Labe. Další menší vodní toky (např. Olšový potok s hodnotnou nivou) v levobřežní části tvoří přítoky říček Gottleuba a Biela, které ústí do Labe až na německé straně území.
Zajímavostí území jsou vodoteče, které mají vyšší vodnatost jen několik týdnů v roce (např. Suchá Bělá, Suchá Kamenice).
ZPĚT NA ÚVOD
Stojaté vody
Největší vodní nádrž v oblasti, Olešský rybník, se nachází na mladších křídových vrstvách (slínovce) a náleží tak biogeograficky již do Českého středohoří. Přírodní rezervace Olešský rybník je významným biotopem pro řadu ohrožených druhů rostlin i živočichů, zvláště ptáků. Menší vodní nádrže se nacházejí v levobřežní části u Ostrova (Ostrovský rybník – zajímavý rašelinnými plochami v jeho okolí) a v Maxičkách. Z hlediska druhové rozmanitosti je však významný zejména Královomlýnský rybník a nedaleká vodní nádrž, kde se vyskytuje žabníček vzplývavý (Luronium natans), jakožto na jediném místě v České republice. Na pravé straně Labe se nacházejí menší vodní nádrže mezi Novou Oleškou a Srbskou Kamenicí, v Jetřichovicích (Pavlínka), v Dlouhém Dolu a Kopci. Samotný NP České Švýcarsko je prakticky bez větších ploch stojatých vod, pouze se zde vyskytuje několik menších lesních rybníčků a tůní.

Podzemní vody
Českosaské Švýcarsko je oblastí mimořádného významu z hlediska tvorby a oběhu podzemních vod. To je dáno tím, že křemenné pískovce, tvořící většinu území, zde dosahují mnohasetmetrových mocností a jsou výborně propustné. Území reprezentuje celý hydrogeologický cyklus, tj. oblast infiltrace srážkových a povrchových vod podél okrajových zlomů (zejména Lužická porucha), oblast akumulace a transportu podzemních vod ve střední části a oblast drenáže podzemních vod v dolní části hluboce zařízlých údolí vodních toků Kamenice, Křinice a Labe.

ZPĚT NA ÚVOD