Na území Národního parku České Švýcarsko bylo zjištěno okolo 300 druhů mechorostů, z nichž 71 je zařazeno do Červeného seznamu vzácných mechorostů České republiky. V prostředí pískovcových skalních měst nacházejí mechorosty ideální podmínky k růstu zejména v hlubokých stinných roklích, nalezneme je však i v lesích, na zamokřených a zrašelinělých půdách, v okolí vodních toků, na skalních výchozech, ve štěrbinách skal apod.
Rokle a soutěsky
Na dnech chladných, stinných a vlhkých roklí nachází příhodné podmínky množství vzácných horských případně severských druhů, jako např. kriticky ohrožená játrovka mokřanka oddálená (Hygrobiella laxifolia), či silně ohrožené játrovky polanka Michauxova (Anastrophyllum michauxii) a vřesovka vonná (Geocalyx graveolens). Vyskytují se zde však i běžné horské druhy, jako např. ploník horský (Polytrichum alpinum) či játrovka pobřežnice Neesova (Pellia neesiana).
Dobře poznatelným druhem dokládajícím oceanický charakter zdejšího území je lesklec čeřitý (Plagiothecium undulatum). V posledních letech bylo objeveno také několik lokalit chudozubíku Brownova (Tetrodontium brownianum), které jsou jedinými současnými lokalitami tohoto druhu v celé České republice!
Skály
Nejcharakterističtějším skalním druhem je čtyřzoubek průzračný (Tetraphis pellucida) rostoucí na polostinných a stinných skalách. Dalšími typickými druhy porůstajícími pískovcové skály jsou dvouhroteček různotvárný (Dicranella heteromalla) a bělomech skalní (Leucobryum juniperoideum). Na více zastíněné a vlhčí skály jsou vázány druhy jako vršatka Taylorova (Mylia taylorii), či pobřežnice obecná (Pellia epiphylla), která osidluje též humusem bohaté skalní římsy a úpatí skal.
Čedičové skalní výchozy a sutě hostí několik horských druhů, jako např. štěrbovku skalní (Andreaea rupestris) či zoubkočepku mechovitou (Racomitrium lanuginosum).
Vody a jejich okolí
Na vlhkých stanovištích, především na kamenech na březích potoků nebo přímo v nich, se hojně nachází játrovka kýlnatka zvlněná (Scapania undulata), častým druhem je také vodní mech pramenička obecná (Fontinalis antipyretica). Plošně rozšířeným druhem obývajícím i jiné typy stanovišť je játrovka porostnice mnohotvárná (Marchantia polymorpha).
Specifickým biotopem jsou rašeliniště porůstaná různým druhy rašeliníků (Sphagnum), např. rašeliníkem ostrolistým (S. capillifolium), r. bodlavým (S. cuspidatum), r. křivolistým (S. fallax), r. třásnitým (S. fimbriatum), r. člunkolistým (S. palustre) atd. K dobře poznatelným druhům rostoucím na rašeliništích patří jeden z našich největších mechů ploník obecný (Polytrichum commune).
Zástupcem typickým pro podmáčené smrčiny a okraje zrašelinělých půd a rašelinišť je rohozec trojlaločný (Bazzania trilobata).
Lesy
V reliktních borech se nejčastěji vyskytují dvouhrotec chvostnatý (Dicranum scoparium), paprutka nicí (Pohlia nutans) a křivonožka zprohýbaná (Campylopus flexulosus). Pestré je společenstvo mechorostů rostoucích na tlejících kmenech a pařezech, kam patří např. běžné druhy čtyřzoubek průzračný (Tetraphis pellucida), plevinka plazivá (Lepidozia reptans), křepenka dvoulaločná (Cephalozia bicuspidata) a rokyt cypřišovitý (Hypnum cupressiforme), ale také vzácná játrovka stěkovec široký (Riccardia latifrons), která byla na území NP České Švýcarsko zjištěna teprve nedávno.
K tzv. epifytickým druhům, tj. druhům rostoucím na živých kmenech a větvích stromů, patří např. rokýtek obecný (Amblystegium serpens), baňatka aksamitová (Brachythecium velutinum) a křehutka různolistá (Chiloscyphus profundus).
Zajímavosti
K největším zajímavostem patří "světélkující mech" - subatlantský druh dřípovičník zpeřený (Schistostega pennata) rostoucí ve skalních štěrbinách, jehož prvoklíček (rané vývojové stádium připomínající řasu) zelenožlutě světélkuje.
V Českém Švýcarsku se vyskytují také dva druhy invazních mechorostů původem z jižní polokoule, které se do Evropy se dostaly díky námořní dopravě. Jedná se o rovnozub čárkovitý (Orthodontium lineare), který se hojně vyskytuje na tlejícím dřevě, kůře jehličnatých stromů i na pískovcových skalách, a křivonožku vehnutou (Campylopus introflexus), která osidluje především holou půdu, lesní cesty apod.
Zajímavostí jsou nálezy druhů citlivých na znečištění ovzduší z rodu šurpek (Orthotrichum), např. š. chluponosný (O. diaphanum) a š. nízký (Orthotrichum pumillum). Tento rod zaznamenal výrazný ústup po roce 1950 a nyní se do naší přírody postupně vrací.
Zvláštností je také výskyt vápnomilných druhů ostrůvkovitě rozšířených v místech vápencových výchozů, např. vzácné vápnomilky přerušované (Pedinophyllum interruptum) a na zamokřených místech rostoucí vlahovky vápnomilné (Philonotis calcarea).
